Ptolemy VIII đầu tiên kết hôn với mẹ của Cleopatra III là Cleopatra II vào 145 TCN, và kết hôn với Cleopatra III vào khoảng 139 TCN. Cleopatra II đã chống lại Ptolemy VIII khoảng 132 TCN và Cleopatra III đã lẩn trốn đến Síp năm 130 TCN với chồng bà, nhưng đã không co khả năng quay lại Alexandria vào năm 127 TCN.[2]

Cleopatra III và Ptolemy VIII có năm người con:[1][4]

• Ptolemy IX sinh khoảng 143 TCN
• Tryphaena sinh khoảng 141 TCN. Kết hôn với Antiochus VIII Grypus, Vua của Syria năm 124 TCN
• Ptolemy X sinh khoảng 140 hoặc 139 TCN. Đã kết hôn với cháu gái của ông Berenice (con gái của Ptolemy IX, và Cleopatra Selene I)
• Cleopatra IV sinh ra giữa 138 và 135 TCN. Kết hôn đầu tiên với anh trai bà là Ptolemy IX Lathyros, và lần thứ hai, với Antiochus IX Cyzicenus, Vua của Syria
• Cleopatra Selene I sinh ra giữa 135 và 130 TCN. Kết hôn đầu tiên với anh trai bà là Ptolemy IX, và sau đó với một người anh trai khác, Ptolemy X. Sau đó kết hôn với Antiochus VIII Grypus, Vua của Syria, Antiochus IX Cyzicenus, Vua của Syria và Antiochus X Eusebes, Vua của Syria.